Os Centros CUF encontram-se organizados de forma multidisciplinar e agregadora, proporcionando um acompanhamento completo com base numa organização assente num percurso clínico de um grupo de doenças, órgãos ou especialidades médicas.

As Unidades autónomas podem estar integradas em Centros CUF e são estruturas com percursos clínicos de equipas multidisciplinares com o objetivo de diagnosticar e tratar uma doença ou várias doenças do mesmo órgão ou sistema.